Documentat des de l'any 1011, el terme incloïa extenses propietats dels monestirs de Ripoll i de Camprodon. La jurisdicció, de tota manera, corresponia a l’antic i inaccessible castell de Catllar, encimbellat a la dreta del Ter, prop del límit municipal amb Setcases.
La nissaga dels Descatllar van dominar el terme de Vilallonga (amb l’excepció del nucli de Tregurà), Rocabruna (Garrotxa), Besora i altres dominis. Van ser distingits membres d’aquesta família Damià Descatllar, aferrissat lluitador pel retorn del Rosselló i la Cerdanya a la Corona catalanoaragonesa a partir de 1472, i Lluís Descatllar, governador del castell de Llívia a la Guerra dels Segadors. La línia principal de la família va extingir-se el 1789.
L’economia tradicional de la zona eren l’agricultura i, sobretot, la ramaderia. A partir dels segles XVII i XVIII van proliferar-hi paraires i teixidors, a més de diverses explotacions mineres. Al segle XIX arriba la industrialització a la vall del Ter, però és al segle XX quan neixen les dues centrals elèctriques, que avui es mantenen com les principals iniciatives industrials del municipi.