L’origen de la Seu d’Urgell es remunta al poblat d’Arse d’Urgui, datat a l’edat del bronze final (1200-700 a.C.) i situat a l’actual emplaçament de Castellciutat. Aquest punt era una estratègica cruïlla de camins, entre les valls del Segre i de la Valira.
Els romans van bastir en el mateix indret la ciutat d’Orgellia, en el camí entre les importants Ilerda (Lleida) i Iulia Lybica (Llívia), que amb Aeso (Isona) completaven les poblacions romanes més destacades de la regió.
La Seu d’Urgell va beneficiar-se de la decadència de Llívia i Isona per erigir-se en seu episcopal durant l’època visigòtica, cosa que marcaria profundament la seva història. De fet, hi ha constància de tots els ocupants de la seu episcopal des de l’any 527.
Després de la destrucció que va provocar l’exèrcit sarraí a finals del segle VIII, la població va ser reconstruïda. Al turó on s’aixecava la ciutat romana es va edificar el palau, que seria la primera residència dels comtes d’Urgell fins que es van traslladar a Agramunt i Balaguer. Mentrestant, a la plana, on devia haver-hi les restes de diverses vil·les romanes, naixeria el Vicus Urgelli, al voltant de la nova catedral de Santa Maria.
Cap a l’any 1000, la Seu d’Urgell era una petita agrupació de cases, alternades amb camps de conreu, a l’entorn de les esglésies que formaven el conjunt catedralici de l’època. Els segles XI I XII van ser els de màxima esplendor de la ciutat, a partir de la injecció econòmica procedent del cobrament de les paries resultants de l’expedició militar del comte Ermengol I d’Urgell a Còrdova.
A partir del segle XII, el bisbat de la Seu va haver d’enfrontar-se a les hostilitats dels vescomtes de Castellbò, posteriorment comtes de Foix, que li disputaven el poder polític sobre la regió. Al segle XIII es construeixen les muralles i la ciutat creix amb força cap al nord i a ponent entre aquella centúria i la següent.
El segle XVI va estar ple de conflictes a la Seu d’Urgell. Les tropes dels hugonots i les faccions de bandolers desestabilitzaven contínuament la contrada i atacaven la ciutat. A partir del segle XVII es van intensificar els intents francesos d’invasió. D’aquest segle destaca la figura del canonge de la catedral Pau Claris, que va arribar a ser el president de la Generalitat durant la Guerra dels Segadors.
Els atacs francesos eren constants, i fins i tot van ocupar la ciutat en dues ocasions, el 1691 i el 1793. Malgrat això, el reforçament de les fortificacions va contribuir que la Seu fos un dels principals baluards de defensa fronterera durant la Guerra del Francès (1810), i s’hi va traslladar temporalment la capitalitat del corregiment de Puigcerdà en caure aquella ciutat.
La fi del règim feudal va acabar amb el domini de la ciutat per part del bisbe el 1823. La Seu d’Urgell va entrar de ple en les batusses de les guerres carlines, sobretot la tercera, on les fortificacions van patir un intens setge.
El segle XX va arribar amb la primera carretera, construïda el 1906, i amb un important canvi agrari. Les vinyes i el cereal van deixar pas a les primeres vaques lleteres i la consegüent formació de la Cooperativa Lletera Cadí.
Després de la Guerra Civil de 1936-1939 i la postguerra, la Seu d’Urgell va viure un important creixement urbanístic i una revifalla comercial marcada per l’impuls andorrà. Una de les últimes grans fites de la població va ser la canalització del riu Segre, la creació del Parc del Segre i la designació de subseu olímpica als Jocs de Barcelona de 1992 en l’especialitat d’aigües braves.
