El poble de la Jonquera està organitzat a banda i banda de l’antic camí medieval. Al nucli històric destaca l’església parroquial de Santa Maria (segle XVIII), que té una façana gòtica. Està envoltada de cases de la mateixa època i encara més antigues, entre les quals hi ha Ca n’Armet, que mereix una parada. Altres cases senyorials de la vila són la Posta Reial i Can Laporta. D’altra banda, la plaça Major presenta uns porxos interessants.
A la banda nord del poble encara hi ha vestigis de l’antiga muralla. S’hi troba el castell de Requesens, d’estil neomedieval, situat al sud del puig Neulós. Amb els seus merlets restaurats seguint els cànons del romanticisme arquitectònic, presenta una imatge fabulosa i com de llegenda. En un replà de la muntanya s’alça el santuari de la Mare de Déu de Requesens.
A la penya granítica de Santa Llúcia es poden veure les ruïnes del castell de Rocabertí, d’un llinatge nobiliari vinculat al comtat de Peralada.
Pel que fa a l’entorn natural i paisatgístic, la Jonquera té 30 hectàrees de superfície d’estanys i basses prop dels termes de Cantallops i Capmany: l’estany Gros, l’estany Petit, l’estany de Baix, l’estany de Terra Negra, l’estany d’en Figa i l’estany dels Ullastres. És una zona de pas, de nidificació i de repòs per als ocells migradors, on agafen forces per vèncer la tramuntana i travessar els Pirineus cap al nord.
Destaca la importància dels monuments megalítics, entre els quals hi ha els dòlmens de Mas Baleta (I, II i III), els dòlmens dels Estanys (I, II i III), els menhirs dels Estanys (I i II), el dolmen de Canadal, el del coll del Madàs II, el dels Mescalants i el del Pedreguer, que formen la ruta megalítica de Requesens.
Al principi de l’any 1939, el terme va ser escenari del patiment de les persones que fugien de les tropes franquistes i marxaven cap a França. El municipi ofereix també El Museu de l'Exili ,on és compaginen les funcions museístiques, a través de les exposicions permanent i temporals, amb les de recerca històrica i de difusió pedagògica. Sempre amb una mirada ampla que vincula el passat amb el present, perquè els conflictes que provoquen exilis han estat una constant en la història del segle XX i segueixen essent-ho fins al dia d’avui.