La Costa Brava ha sido un lugar poblado desde los orígenes de la humanidad, y es uno de los puntos de Catalunya donde más abundan los yacimientos de los pueblos del pasado más lejano. El paleolítico es presente por toda la región, con vestigios de especial importancia en las cuevas del Montgrí (entre 200.000 y 300.000 años de antigüedad, en el Baix Empordà) y las cuevas de Serinyà (unos 100.000 años de antigüedad, en el Pla de l’Estany). Los pobladores del neolítico también dejaron su huella en la Costa Brava, en especial en las zonas montañosas del Alt y el Baix Empordà, donde actualmente se pueden encontrar todavía en pie numerosos ejemplos de megalitos.
Los primeros colonizadores extranjeros que llegaron a la península Ibérica fueron los griegos, que fundaron dos importantes ciudades en Roses (Alt Empordà) y Empúries (Baix Empordà) a partir del siglo VI a.C. Los griegos convivieron con los pobladores ibéricos, con quienes comerciaban. El territorio de la Costa Brava se lo repartieron las tribus de los indigetes (Empordà y Pla de l’Estany) y de los ausetanos (fundadores de Girona y presentes también en la Selva). El núcleo más importante de aquella civilización es Ullastret, uno de los poblados ibéricos más destacables de Catalunya, aunque la mayor parte de las actuales poblaciones fueron fundadas en aquella época.
La segunda guerra Púnica trajo el primer ejército romano a Empúries en el año 218 a.C. y a partir de entonces la romanización fue imparable. En la Costa Brava no se fundó ninguna gran ciudad romana, aunque Girona, Blanes o las termas de Caldes de Malavella gozaron de cierto desarrollo. Lo cierto es que proliferaron mucho más las villas en los llanos, dedicadas a la agricultura.
Tras una mínima dominación árabe, el territorio de la Costa Brava pasó en el año 785 a formar parte del imperio Carolingio, repartido en tres condados dentro de la zona de frontera denominada Marca Hispánica. El condado de Girona incluía la ciudad que se convertiría en importante sede episcopal para toda la zona, así como La Selva y una parte del Baix Empordà; el condado de Empúries ocupaba buena parte del Alt y el Baix Empordà; mientras que el condado de Besalú englobaba el Pla de l’Estany y una parte del Alt Empordà.
Por un lado, el condado de Girona se integró pronto (878) con los condados de Barcelona y Osona bajo la dinastía de Guifré el Pilós, que se amplió posteriormente al resto de condados vecinos de Besalú y la Cerdanya. El condado de Empúries, por su parte, sufrió constantes desacuerdos con la casa de Barcelona, además de conflictos internos con los vizcondes de Peralada, que gozaron de una gran autonomía. La fotografía de la Costa Brava feudal se completa con la gran importancia y poder de numerosos monasterios, como el de Sant Pere de Rodes, Sant Quirc de Colera, Sant Esteve de Banyoles o Sant Feliu de Guíxols.
Toda la zona gozó de la época de prosperidad de los siglos XIII y XIV, pero también sufrió las epidemias, hambruna y sequías posteriores. Además, se vio fuertemente afectada por las guerras campesinas de los siglos XIV y XV, en especial la guerra de los Remensas.
Las libertades logradas por los remensas permitieron la construcción de masías y la recuperación agraria en todo el país, con un incremento de la población durante el siglo XVI. A pesar de todo, los problemas no desaparecieron ni mucho menos: el fenómeno del bandolerismo se generalizó y creó un clima de fuerte inseguridad. En la Costa Brava actuaban regularmente conocidos bandoleros como Rocaguinarda y Serrallonga (en los bosques de La Selva), o Josep Margarit (en el Alt Empordà). También la costa sufrió la inseguridad, en este caso por la proliferación de los ataques de piratería de los siglos XVI y XVII, que dejaron de mudos testigos numerosas torres de defensa.
La época también conllevó constantes conflictos bélicos entre la casa de Austria y Francia, que afectaron fuertemente esta zona fronteriza. De hecho, el tratado de los Pirineos (1659) movió la frontera entre ambos países hasta la cresta de la Serra de l’Albera, colocando el Alt Empordà literalmente como tierra de frontera. Pero incluso antes de aquella solución, Catalunya vivió la guerra dels Segadors, revuelta popular contra los tercios castellanos que tuvo sangrientos episodios en Santa Coloma de Farners, Riudarenes, Palafrugell y la ciudad de Girona.
Todavía en el siglo XVII, se produjo otro conflicto bélico contra Francia, la guerra de los Ocho Años (1689-97), que trajo a las tropas del mariscal Noailles hasta tomar la villa de Palamós.
El siglo XVIII empezó con la guerra de Sucesión, pero en seguida llegó un período de gran recuperación del campo catalán y de gran crecimiento del país, con el inicio de las manufacturas, en la zona principalmente del textil y el corcho. Buena parte de aquel empuje, sin embargo, quedó frenada con un nuevo período bélico contra Francia, con la guerra del Rosellón (1793-95) y la guerra de la Independencia (1808-14), en las que todo el territorio de la Costa Brava fue escenario de batallas y asedios: Girona, Hostalric, Figueres...
A pesar de las guerras carlinas, el siglo XIX llegó acompañado de crecimiento económico y demográfico, gracias a la industrialización textil (Girona, Salt Banyoles) y del corcho (Empordà), así como a las mejoras agrícolas, de la pesca y el comercio. En este contexto nació el proletariado, junto con los movimientos obrero y asociativo. Pero la crisis llegó en dos etapas: primero para el campo del Alt Empordà con la plaga de la filoxera, y unas décadas más tarde para todos con la Guerra Civil española (1936-39), que trastocó la situación e inició un oscuro período de cuarenta años de recorte de las libertades.
Nuevamente, la expansión industrial resurge en Girona y Banyoles, paralelamente al boom turísticoque viven las poblaciones costeras, a partir de la década de 1960. Todo ello provoca un aumento de la población en las localidades más grandes y en las del litoral, despoblándose casi definitivamente las zonas más inaccesibles del interior y las montañas.