El topònim és d’origen celta, Bisuldunum, que significa ‘fortalesa entre dos rius’ (el Fluvià al sud i la riera de Capellades al nord).
Al segle VIII, després de la conquesta franca, Besalú va quedar integrada al comtat de Girona. El 894 va esdevenir comtat amb dinastia pròpia, gràcies a la reordenació de Guifré el Pilós, que va nomenar comte de Besalú al seu germà Radulf.
A la mort de Radulf a principis del segle X, el comtat de Besalú va quedar vinculat al de Cerdanya, fins al 988. L’herència del comte Oliba Cabreta es va dividir entre els seus fills, i Bernat II, més conegut amb el sobrenom de Tallaferro, va convertir-se en el comte de Besalú. Segons la llegenda, en plena lluita contra els àrabs sant Martí va donar a Bernat una espasa celestial que fins i tot podia tallar el ferro. Bernat Tallaferro va aconseguir que Besalú fos seu d’un bisbat, que només va durar tres anys (1017-1020).
Així va quedar inaugurada l’època daurada de Besalú, quan centrava uns dominis que s’estenien des del Ripollès, la Garrotxa i el Pla de l’Estany fins a l’Alt Empordà, i encara més enllà, al Vallespir i Fenollet. El mercat de Besalú, documentat des del 1027, va tenir un enorme potencial econòmic fins al segle XIV.
De tota manera, els temps d’independència del comtat de Besalú s’havien acabat a principis del segle XII. Ramon Berenguer III, comte de Barcelona, va vincular a partir de 1111 el comtat de Besalú a la casa de Barcelona, quan el seu gendre Bernat III de Besalú morí sense descendència.
El rei Joan I va crear la vegueria de Besalú l’any 1226. Més endavant, la ciutat va ser centre de les forces de Pere II el Gran en el conflicte contra Felip III de França, el 1285. A mitjan segle XIV, el lloc resistí heroicament, sota les ordres de Bernat de Cabrera, davant la invasió del comte d’Armanyac. Besalú també va tenir un paper determinant en el conflicte dels remences, i va ser l’última plaça a rendir-se al rei Joan II el 1472.
La segona meitat del segle XVII va ser catastròfica per a la vila, que va perdre bona part dels habitants en una epidèmia de pesta entre 1651 i 1652. Les tropes franceses van ocupar-la diverses vegades (1653, 1676, 1689), i el Tractat dels Pirineus (1659) va desposseir el comtat de Besalú de les seves terres al Vallespir.
L’exèrcit francès va produir continus maldecaps als habitants de Besalú durant el segle XVIII i principis del XIX. La Guerra de Successió (1700-1714), la Guerra Gran (1793-1795) i la Guerra del Francès (1808-1814) en són els tres exemples més remarcables. Les guerres carlines del segle XIX també van afectar intensament la població.