En el Baix Empordà se han hallado restos megalíticos como los del Cavall Bernat en Platja d'Aro, o la Cova del Duc en el Massís del Montgrí que demuestran la antigüedad de los asentamientos en esta zona. El poblado íbero de Ullastret es el mayor que se ha encontrado en Cataluña, de manera que esta zona fue de las primeras en ser habitadas.
Los íberos fueron asimilados por los romanos y, posteriormente, el territorio fue conquistado por árabes y visigodos, aunque casi no queda constancia de su paso por la destrucción que hicieron primero los reinos carolingios y, posteriormente, los primeros condados catalanes. El primero de ellos fue el condado de Empúries, que englobaba la parte de septentrional del Baix y todo el Alt Empordà; de esta época, se han conservado numerosos restos como los de los municipios de Forallac, especialmente en Peratallada, en Pals o el castillo de Torroella de Montgrí.
La llegada de la filoxera significó una crisis muy importante para la comarca a finales del siglo XIX y provocó que muchos de sus habitantes tuvieran que emigrar al continente americano. La recuperación económica se produjo ya en pleno siglo XX gracias al espíritu comercial que siempre ha demostrado la zona, y también porque el Baix Empordà se convirtió en uno de los principales destinos de segundas residencias, lo que ayudó a promocionarla y darle el peso que tiene hoy en día.
Respecto a las fiestas y tradiciones, existe una gran variedad de fiestas mayores en todos los pueblos, pero destaca la fiesta de la Dansa de la Mort de la localidad de Verges, declarada Patrimonio de Interés Cultural Nacional.