Al Baix Empordà s'han trobat restes megalítiques com les del Cavall Bernat a Platja d'Aro, o la Cova del Duc al Massís del Montgrí que demostren l'antiguitat dels assentaments en aquesta zona. El poblat ibèric d'Ullastrret és el més gran que s'ha trobat a Catalunya, de manera que aquesta zona va ser de les primeres en ser habitades. Els íbers van ser assimilats pels romans i, posteriorment, el territori va ser conquerit per àrabs i visigots, tot i que gairebé no en queda constància per la destrucció que van fer primer els regnes carolingis i, posteriorment, els primers comtats catalans. El primer d'ells era el comtat d'Empúries que englobava la part septentrional del Baix, i tot l'Alt Empordà, d'aquesta època s'han conservat nombroses restes com les dels municipis de Forallac, especialment a Peratallada, a Pals o el castell de Torroella de Montgrí.
L'arribada de la fil·loxera va significar una crisi molt important per a la comarca i va provocar que molts dels habitants haguessin d'emigrar al continent americà. La recuperació econòmica es va produir ja en ple segle XX, gràcies a l'esperit comercial que sempre ha demostrat la zona, i també perquè el Baix Empordà es va convertir en un dels principals llocs de segones residències, que va ajudar a promocionar-la i donar-li el pes que té avui en dia.
Respecte a les festes i tradicions, hi ha una gran varietat de festes majors en tots els pobles, però destaca la festa de la Dansa de la Mort de la localitat de Verges, declarada patrimoni d'interès cultural nacional.