El poble està situat al final de la vall de Bianya, i queda banyat per les rieres de Carreres i del Turonell i travessat pel riu Fluvià. A la part baixa de la vila, tocant al pont, hi ha el monestir de Sant Joan. L’església romànica, única peça que es conserva del convent, ha estat declarada Monument d’Interès Nacional.
El pont Medieval, situat a l’antiga via romana d’Ànnia, està construït amb pedra volcànica i consta d’un arc gros sobre el llit del riu Fluvià i de dues arcades als costats. Vora el riu se situa l’Estada o casa forta de Juvinyà, un dels edificis romànics més antics de Catalunya, datat el segle XII, que conserva una torre de defensa.
La torre de Canadell és una senzilla fortificació edificada dins del mas del mateix nom, a la serra de Vivers. Es va bastir durant les guerres carlines, com a punt estratègic de control i vigilància, ja que domina tota la plana de la comarca, des de Besalú fins a Castellar de la Muntanya.
Val la pena visitar el veïnat de la Canya, encara que no pertany únicament al terme de Sant Joan (és compartit amb la Vall de Bianya i Olot). S'hi pot veure l’església de Sant Josep Obrer, un edifici de construcció moderna amb una curiosa torre elaborada amb cercles de formigó, que sustenta una creu.
A dins del poblet de Begudà hi ha la capella de Santa Eulàlia, romànica, però amb diverses reformes posteriors. Consta d’una sola nau de volta apuntada i absis semicirculars. A les portes del temple s'hi observen unes ovelles dibuixades i una gran torre quadrada.